Een shiatsu behandeling wordt gegeven op een futon (een japanse matras).Tijdens de behandeling wordt er druk uitgeoefend op het lichaam met de duimen, handen, ellebogen en knieen. De behandeling wordt gegeven over de kleding heen.
Omdat Iokai Shiatsu gebaseerd is op de klassieke oosterse geneeskunst wordt er druk gegeven op punten en op de meridianen, waardoor de vitale levensenergie wordt aangesproken en het zelfhelende vermogen van het lichaam wordt gestimuleerd.

Om een goede behandeling te geven wordt er vooraf eerst een diagnose gesteld door vragen te stellen naar de hoofdklacht en de eventuele bijkomende bijklachten.
Daarbij wordt er ook gebruik gemaakt van de klassieke oosterse vorm van diagnose zoals: buik diagnose, pols diagnose en rug diagnose.
Een behandeling duurt ongeveer een uur. Aanbevolen wordt om comfortabele kleding aan te hebben (het liefst katoen) en niet al teveel te eten voor de behandeling.